Artemis a maintenant 13 ans. Après avoir volé la technologie des FAR, il l'a regroupé dans un cube appellé Cube C. Celui-ci possêde donc des décripteurs rendant dépassé toute les technologies de pointe dans le monde des hommes. Mais aussi, malheureusement permettant de déceler la présence du peuple souterrain...
Afin de satisfaire son attirance pour l'argent, Artemis invite Jon Spiro, un homme d'affaire véreux, pour lui proposer de garder caché le Cube C durant quelques temps en échange d'une tonne d'or. Comme on pourrait s'y attendre celui-ci refuse et dans sa fuite blesse mortellement Butler et emporte avec lui le Cube C.
Une fois de plus, le jeune héros devra faire appel au peuple des fées pour l'aider à sauver son ami et à reccupérer le cube. Mais ce ne sera pas facile et il faudra tout le génie d'Artémis Fowl et l'aide de Foaly, Holly Short, Mulch Diggums et Juliet pour y arriver.Il devra aussi sauver Butler grâca à la cryogénie. Malheureuseument Artémis devra aussi renoncer à ses souvenirs...